10TUTORIAL 1 · SNAPGENE ALTERNATIVE

SnapGene 替代方案:免费的跨平台质粒图谱软件 GenePad

已经在用 SnapGene?这篇教程讲清楚 GenePad 能接住哪些日常工作:既有 .dna 文件直接读写,图谱、酶切、引物、Sanger 比对逐项对齐,另有一批它没有的能力——NGS 数据查看、基因文件库与 AI 助手。两个工具不必二选一:GenePad 内置「打开方式」,随时把文件交回 SnapGene。
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  1. STEP 1 / 8

    直接打开既有 .dna 文件

    把 SnapGene 的 .dna 质粒文件拖进 GenePad 即可打开:主序列、拓扑、features、引物与 notes 原样读入;编辑后仍可存回 .dna,传回给仍用 SnapGene 的导师或同事不会有格式障碍。

    Addgene 下载的 .dna 质粒直接打开:环形/线性一键切换,元件按类别分层着色
    Addgene 下载的 .dna 质粒直接打开:环形/线性一键切换,元件按类别分层着色
  2. STEP 2 / 8

    图谱、序列与酶切位点

    图谱与序列双向联动:标注表中选定条目,序列视图即定位到对应碱基区间,同步显示选区长度、GC 含量与 Tm 值。酶切位点直接标注在双链序列上,悬停即可查看识别序列、链方向与上下切口位置,5′ 突出末端明确标示。

    标注表中选中条目,序列视图自动定位并显示选区长度、GC 含量与 Tm
    标注表中选中条目,序列视图自动定位并显示选区长度、GC 含量与 Tm
    酶切位点悬停详情:识别序列、切口位置与 5′ 突出末端
    酶切位点悬停详情:识别序列、切口位置与 5′ 突出末端
  3. STEP 3 / 8

    Sanger 测序比对

    导入 AB1 峰图文件,色谱、reads 与参考序列按碱基逐一对齐,结果给出比对一致率与 E-value,错配位点红色标示,逐个反应判断质量与错配位置。

    AB1 峰图与参考序列逐碱基对齐,错配位点以红色标出
    AB1 峰图与参考序列逐碱基对齐,错配位点以红色标出
  4. STEP 4 / 8

    通用元件识别与 sgRNA 设计

    打开图谱即自动标出启动子、抗性基因、复制子等常见元件,内置元件库覆盖 20 个大类、逐条记录 NCBI 登录号;选中序列右键即可设计 sgRNA,支持 SpCas9、xCas9、Cas12a/b、TnpB 等 12 种识别布局,PAM 方向、种子区长度与脱靶过滤可配置,候选一键标注回图谱。

    右键菜单直接调出 sgRNA 设计:12 种识别布局,候选可一键标注回图谱
    右键菜单直接调出 sgRNA 设计:12 种识别布局,候选可一键标注回图谱
  5. STEP 5 / 8

    电泳模拟与蛋白属性

    电泳模拟覆盖 DNA 琼脂糖凝胶与 SDS-PAGE 蛋白凝胶:内置 Trans2K® 等主流分子量标准,跑胶前预估条带位置;选中 CDS 还可实时计算分子量、等电点(内置 19 种算法)、GRAVY、脂肪族指数与消光系数。

    DNA 电泳模拟:Trans2K® 分子量标准,酶切或 PCR 产物直接上样
    DNA 电泳模拟:Trans2K® 分子量标准,酶切或 PCR 产物直接上样
    蛋白属性面板:分子量、等电点、GRAVY、脂肪族指数与消光系数
    蛋白属性面板:分子量、等电点、GRAVY、脂肪族指数与消光系数
  6. STEP 6 / 8

    NGS 数据查看

    直接打开 fastq.gz / fastq / fq.gz / fq 文件(gzip 无需解压),双端 R1/R2 自动配对拼接,每个碱基按 Phred 质量着色;支持按氨基酸片段检索、锚点批量裁切,并一键生成文库丰度报告(可导出 CSV)。

    双端 reads 逐条拼接,逐碱基按测序质量着色,右侧汇总统计
    双端 reads 逐条拼接,逐碱基按测序质量着色,右侧汇总统计
  7. STEP 7 / 8

    基因文件库与 AI 助手

    把散落各处的质粒文件统一建索引(只建索引,不改动原始文件),AI 依据序列与标注自动生成性质标签,监视文件夹自动收录;AI 助手可用一句话检索定位文件,也能查询通用元件的信息。

    基因文件库:AI 批量生成标签,按标签或项目检索质粒
    基因文件库:AI 批量生成标签,按标签或项目检索质粒
  8. STEP 8 / 8

    多语言与「打开方式」

    内置中、英、日、法、德、俄六种界面语言,还可用 AI 翻译接入任意语言;右键随时把文件交给 SnapGene、VS Code 等指定工具——GenePad 补位而不接管,两个工具共存不冲突。

    语言设置:内置六种语言,支持导入与 AI 生成语言包
    语言设置:内置六种语言,支持导入与 AI 生成语言包
    「使用其它程序打开」:一键交给 SnapGene、VS Code 等工具
    「使用其它程序打开」:一键交给 SnapGene、VS Code 等工具

授权说明:GenePad 当前免费公测;公测结束后,图谱查看、编辑、保存等已有功能依旧免费。学术用户(高校、医院课题组、iGEM、学生)在 2026 年至 2027 年 12 月 31 日期间自动获得免费使用权限,无需申请;商业使用将由后续发布的 GenePad Pro 授权支持。工具箱中的分子克隆(Molecular Cloning)已上线部分功能,完整流程仍在开发中。

10 — PART OF GENEPAD

SnapGene 替代方案涉及的功能均内置于 GenePad,欢迎下载体验

下载安装/升级 GenePad 后即可按教程操作:AI 助手、基因文件库与 NGS 数据查看在同一程序内配合使用。当前为免费公测阶段,覆盖全部平台。

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LICENSE · 授权

GenePad Free 面向个人评估与学习免费,涵盖日常的图谱查看、编辑与保存;商业使用将由后续发布的 GenePad Pro 授权支持。

学术免费授权:2026 年至 2027 年 12 月 31 日期间,高校、医院课题组、iGEM 选手、科研工作者与学生等学术用户,下载本程序即自动获得免费使用权限,无需申请、无需联系 GenePad 团队。该权限仅限学术科研用途,不得用于任何商业使用。