二代测序（NGS）数据直接打开，
逐条查看、检索与统计
09-A视频教程
VIDEO TUTORIAL图文看不够？这里有一段完整操作演示：从打开测序文件、双端配对，到锚点裁切与生成丰度报告，全流程在真实数据上逐步走一遍，可直接在页面内播放。
09-B打开测序文件
OPENING FASTQ FILES支持 fastq.gz、fastq、fq.gz、fq 四种扩展名，gzip 压缩文件无需预先解压。安装/升级 GenePad 后，两种方式任选其一：
- METHOD 01 / 2
右键「打开方式」
在资源管理器中右键测序文件 →「打开方式」：子菜单中直接选择 GenePad，或在「选择其他应用」列表中选中 GenePad 并设为默认——此后双击测序文件即可直接打开。
右键菜单 — 「打开方式」→ GenePad 
选择其他应用 — 在系统列表中选中 GenePad，可设为默认 - METHOD 02 / 2
拖入窗口
将一个或多个测序文件直接拖入 GenePad 窗口，欢迎页与工作界面均支持拖放打开。
拖入窗口 — 多个测序文件一起拖入即可打开
09-C双端测序
PAIRED-END双端文件自动识别、自动配对
把 R1、R2 两个文件一起拖入窗口，程序按首条 read 的 ID 自动识别配对关系；一次拖入多对文件时弹出配对确认框，可手动调整分组或点击 Auto-pair 一键配对。确认后每一对作为一份双端数据打开——属性面板标注 Paired-end，工具栏提供 Swap R1/R2 一键交换。
09-D逐条浏览
READS & QUALITY每条 read 的质量与拼接效果一目了然
主界面自上而下列出测序得到的每一条 read，右侧属性面板汇总整个文件的测序统计：
双端自动拼接
R-01 · MERGE双端数据逐条自动拼接（merge），每条 read 显示重叠长度与一致性（如 Overlap 135bp · 99% identity），拼接效果一眼可辨。
逐碱基测序质量
R-02 · QUALITY每个碱基按 Phred 质量着色：≥30 绿、20–29 橙、<20 红，低质量区域在质量条中直观可见，无需逐个查看数值。
文件统计
R-03 · STATS属性面板汇总 reads 数、碱基数、read 长度、平均质量、质量分布、GC 含量与编码格式，支持 Overall / R1 / R2 分组查看；超大文件仅加载预览部分，统计与分析仍覆盖整个文件。
09-E氨基酸搜索
SEARCH BY AMINO ACIDS按蛋白片段定位感兴趣的多变区
将底部搜索框切换到 AA 模式，输入一段氨基酸序列（如 MATNNQ），程序把拼接后的 read 翻译为蛋白并逐条比对，命中的肽段直接在序列中框出。文库测序的两侧序列保守、中间多变：用一段已知的保守蛋白作查询，即可在数千条 reads 中快速定位各自的目标多变区。
09-F锚点裁切
TRIM ANCHORS设置裁切锚点，精准截取目标区段
把目标区段两侧的保守序列设为左右裁切锚点（Trim anchors），点击 Trim 即对整个测序文件批量裁切，仅保留两锚点之间的多变区序列。属性面板实时反馈通过比例，以及锚点未命中、片段过短等被剔除的数量；裁切后的 reads 可一键导出（Export processed reads），用于后续分析或提交。
09-G文库丰度分析
LIBRARY ANALYSIS对整个文件一键生成丰度报告
点击 Sequence analysis 对裁切结果执行统计：默认直接分析整个文件（数千万条 reads 无需全部载入内存），统计每个唯一序列的出现次数与频率，并可选择保留或去除两端锚点。分析完成后生成图文报告——Top 序列直方图（DNA / AA 两种口径）与逐条序列的长度、计数、频率与 +1 阅读框翻译，完整表格同时导出为 CSV，可直接用 Excel 打开。一份简单的文库丰度报告就此完成。
